Io non so cosa te ti aspettassi, ma le cose stanno come te hai detto.
La 9800GT era la fascia alta di 5 anni fa, la 650GTX è la fascia media di oggi. La differenza la dovesti notare, ma non troppo, in quanto hai fatto un downgrade, non un upgrade
Quest'ultima scheda supporta le DX11, la prima solo le 10. Questo può influenzare perché vengono mostrati degli effetti aggiuntivi che a loro volta rallentano il gioco.
Il disco da te nominato, dentro GW2 viene interessato solo al momento del caricamento di alcune aree. Se resti fermo in un'area, vengono caricate tutte le texture del caso, poi si ferma. Non è certo il disco il problema.
Io ho una ATI Asus 6950, quindi in linea con le prestazioni della tua scheda. E' affiancata però da un processore quad core e da 8 GB di ram @1033 (probabilmente sprecati), ma quel framerate, lo raggiungo con le impostazioni grafiche al massimo.
Immagino tu sia ancora con un dual core con 2GB di ram.
Se fosse così, saresti "castrato lato cpu", che non sta dietro la scheda video. Nel caso puoi tentare con un overclock per vedere se riscontri differenze nel framerate.
Per fare una cosa simile però ti suggerisco di affidarti a dei test più specifici rispetto al semplice GW2.
Dovresti confrontare la stessa scena con impostazioni differenti ed è difficile verificare una cosa simile.
Personalmente prima di cambiare la scheda video, dovrei pensare alla scheda mamma ed al processore, altrimenti è inutile cambiare grafica se non posso sfruttarla appieno.
Tanto per cominciare devo partire con un overclock di almeno 400MHz